در بیان نقش امام محمد باقر علیه السلامدر القاء تعالیم تشیع و ازجمله مسئله «امامت»، به «تأسیسی» یا «تبیینی» بودن این نقش اشاره شده است. از سویی دیگر، برخی شبهه «تکامل تدریجی مذهب تشیع» را طرح کرده‌اند. «تفکیک بین مفهوم و اندیشه» در تحلیل تاریخ تشیع، «توجه به حساسیت مسئله امامت» و «تکامل فهم مخاطبان»، ازجمله مواردی است که عدم توجه به آن‌ها موجب این شبهه شده است. «مفهوم» را در قالبی بشری و اندیشه را در ساحتی قدسی معرفی می‌کنیم و بر آنیم تا نظریه تدریج را متوجه «مفهوم» و اصرار بر اصالت را متوجه «اندیشه» و درنهایت، آسیب را ناشی از خلط این دو بدانیم. اساساً نه مفهوم امامت و ولایت از آن مفاهیم چندان ساده‌ای است که توانسته باشد در قالب الفاظ و متون تاریخی، هویت یابد و نه هر تاریخ‌نگاری می‌توانسته حقایق مربوط به امامت را در تاریخ خود ثبت کند. نتیجه آنکه نقش امام باقر علیه السلام، در قالب کارکردی تبیینی قرار می‌گیرد؛ اگرچه نوع واکنش محافل مخالف امام، کارکردی تمایز ساز برای آن حضرت ایجاد کرده بود.