اگرچه متوکل برامام هادی علیه‌السلام بسیار سخت گرفت و حتی قصد داشت آن حضرت را به شهات برساند، اما موفق نشد. عصر متوکل عصربسیار سیاهی از نظر رفتار با مردم و بخصوص اهل بیت علیهم‌السلام است. به فرمان متوکل زیارت امام حسین علیه‌السلام ممنوع اعلام شده بود و چون دید که شیعیان به هر قیمتی که شده خود را به قبر مطهر آن حضرت می‌رسانند فرمان داد تا بارگاه حضرت به طور کامل منهدم کنند و آن محل را صاف کردند.  حتی فرمان داد در محل قبر مطهر امام علیه‌السلام آب انداختند و کشت کردند، اما وضعیت برای متوکل به این حالت باقی نماند و فرزند آن به نام منتصر درسال ۲۴۸ پدر خود را از میان برد و خود به قدرت رسید.

اما ۶ ماه بعد هم او از دنیا رفت و مستعین و خلیفه بعدی مستعین روی کار آمد. اگرچه بعد از این دوره، خلفا از نظر سیاسی و اقتدار رو به ضعف می‌روند، اما این خلیفه‌ها از امام هادی و فرزندش امام حسن عسکری علیه‌السلام غافل نبودند، چرا که می‌دانند آخرین حجت خدا از امام عسکری پدید خواهد آمد و لذا آن ذوات مقدس را هم حصر سنگین و حتی بعضاً در زندان نگاه می‌داشتند. مستعین هم بعد از چند سال خلافت از بین رفت و جانشین او معتزّ بر امام هادی علیه‌السلام به شدت سخت گرفت و آن حضرت را به شهادت رسانید. وجود مقدس امام هادی علیه‌السلام هنگام شهادت ۴۲ سال بیشتر نداشتند. اگرچه ما اطلاعات دقیقی پیرامون نحوه شهادت آن وجود مقدس نداریم.  اما روش این خلفای جبار و فشارهایی که برساحت مقدس امام هادی علیه‌السلام وارد کرده بودند، شهادت آن حضرت توسط دستگاه جبار خلافت را قطعی می نمایاند.