در مطالب پیشین اشاره شد که امیرالمومنین سلام ‌الله‌ علیه توسط ابن ملجم لعنه الله در محراب عبادت هنگامی که در رکعت اول به سجده دوم می رفتند، ضربت خورد. آن حضرت سر مبارک خود را با عمامه خویش بست و به طور نشسته نماز را ادامه داد و امام مجتبی علیه‌السلام به دستور پدر نماز جماعت را با مردم اقامه فرمود اما امیرالمومنین علیه‌السلام در هنگام اقامه نماز با این که نشسته بود در اثر درد و رنج ضربتی که به سر مطهرش وارد شده بود، به سمت راست و چپ متمایل می‌شد و همین که سلام نماز را داد بر زمین افتاد.  امام مجتبی علیه السلام سر مقدس پدر را در آغوش گرفت و جای جراحت را محکم بست. سپس حضرت را از محراب به میان مسجد آوردند و مردم هم گرد آن وجود مقدس جمع شدند با این که امام مجتبی علیه‌السلام جای ضربه را محکم بسته بود اما از آن خون می‌ریخت و رنگ رخسار امیرالمومنین علیه‌السلام از زردی به سفیدی مایل گردیده بود.

آن حضرت به آسمان نظر می افکند و تسبیح و تقدیس الهی را می‌گفت و می‌فرمود: الهی اسئلک مراقفه الانبیاء و الاوصیاء و الی درجات جنه المأوا… سپس بی‌هوش شد و در همان حال امام مجتبی علیه‌السلام گریه می‌کرد. امیرالمومنین علیه‌السلام از قطرات اشک فرزند که بر گونه مبارکش ریخت به هوش آمد، چشم گشود و فرمود: ای فرزند! چرا گریه و بی تابی میکنید؟ بدان که تو پس از من به زهر و برادرت حسین به تیغ ستم شهید خواهید شد و هر دو به جد و پدر و مادر خویش ملحق خواهید شد. پس از این امیرمومنان علیه‌السلام به منزل آوردند و طبیبی برای معاینه و معالجه به خانه حضرت آمد. او حضرت را به این ترتیب معاینه کرد که شُش گوسفندی تازه ذبح شده را خواست و آن را در جای ضربتی که بر سر مطهر وارد شده بود فرو کرد و در آن دمید و بیرون آورد و دید که ذرات مغز مطهر امیرالمومنین به این شش چسپیده و آثار زهر در آن نمایان است.

وقتی طبیب چنین دید شهادت حضرت را قطعی دانست و اعلام کرد که هر وصیتی را که دارید انجام دهید. لذا امیرالمومنین علیه‌السلام وصیت معروف خود را نسبت به  امام مجتبی علیه‌السلام بیان داشتند. در روز  بیستم ماه رمضان حال امیرالمومنین علیه‌السلام به وخامت گذاشت و همان موقع حضرت فرزندان خود را فراخواند و آخرین نصیحت ها و سفارشات خود را فرمود و امامان بعد از خود را معرفی کرد و سپس بی‌هوش شد. چون به هوش آمد فرمود هم‌اینک پیغمبر خدا، عمویم  حمزه و برادرم  جعفر نزد من آمدند و گفتند زود بشتاب که ما مشتاق و منتظر تو هستیم.   آنگاه دیده‌های مبارک خود را گردانید و به اهل بیت خود نظر کرد و فرمود همه شما را خدا می سپارم، خدا همه را به راه حق و مستقیم بدارد و از شر دشمنان حفظ فرماید. خداوند خلیفه  من بر شماست و خدا برای خلافت و نصرت کافی است. سپس فرمود: سلام بر شما باد ای فرشتگان خدا… لمثل هذا فلیعمل العاملون، ان الله مع الذین اتقوا و الذین هم محسنون. آنگاه پیشانی مبارک  امیرالمومنین علیه‌السلام عرق کرد، چشم‌های خود را برهم گذاشت، دست و پای مبارک خویش را به سوی قبله کشید و فرمود: أشهد أن لااله الا الله وحده لاشریک له، و اشهد أن محمدا عبده و رسوله… این را فرمود و روح مقدسشان به ملکوت پرواز کرد.