همانطور که پیش از این گفتیم مامون در صدد بود که از وجود امام رضا علیه السلام به عنوان ابزاری برای تحقق اهداف خود استفاده کند. اما همین که دید آن وجود مقدس بیشتر از گذشته  شناخته شد و به واسطه ی حضوری که در خراسان بزرگ و ایران پیدا کرد، برای مردم آنجا که نسبت به اهل بیت علیهم السلام علم، معرفت و اطلاعی نداشتند، باعث شده است که امام شناخته بشود و  مردم به او روی بیاورند، تصمیم به قتل حضرت گرفت.

به عنوان نمونه وقتی حضرت هنگام آمدن به سوی مرو از نیشابور گذشتند در آنجا انبوه علما محدثان سنی در استقبال از امام رضا سلام الله علیه حاضر شدند و آن حدیث معروف و جلیل القدر سلسله الذهب را از زبان امام علیه السلام شنیدند و باعث شد حضور امام در ایران اصحابی برای آن حضرت پدید بیاورد که پیش از این نبود، لذا ما اصحابی از امام می بینیم که منسوب به شهرهای بزرگی از ایران بزرگ قدیم هستند.

همچنین وقتی هم ولایتعهدی امام رضا علیه السلام را اعلام کرده بود با خشم عباسیان مواجهه شده بود و مامون تصمیم گرفت با توجه به شورشی هم که در بغداد بر ضد او پدید آمد، مرو را ترک کند و برای سرکوبی آن شورش به سوی بغداد برود. لذا امام رضا علیه السلام و فضل بن سهل ذوالریاستین که همه کاره ی حکومت او بود را با خود حرکت داد.  اما وقتی که به طوس و قریه سناباد رسیدند در اینجا امام رضا علیه السلام را مسموم کرد و حضرت را به شهادت رسانید و برای رفع اتهام از خود در همانجا برای امام سلام الله علیه عزاداری کرد و گریه و زاری بسیاری از خود نشان داد.

مامون لعنه الله چون می خواست اثبات کند که من در قتل امام علیه السلام دخیل نبودم تلاش کرد که امام سلام الله علیه را در کنار پدرش هارون الرشید دفن کند. اما هر جا در کنار هارون را می کندند با زمین سختی مواجه می شدند که حفر نمی شد. فقط زمین بالای سر هارون مساعد بود. لذا آنجا را کندند و پیکر مقدس امام رضا علیه السلام را در آنجا به خاک سپردند.