توسل گسترده برخی از جنبشهای اسلام گرا به خشونت وعملیات تروریستی در نیمه دوم دهه ۱۹۹۰ تحولی مهم در تاریخ فعالیتهای اسلام گرایانه محسوب می شود. چرا که این بار غیرنظامیان نیز هدف قرار می گرفتند. به نظر می رسد که این مسئله نتیجه ترکیب دو جریان اسلام گرای مغرب و مشرق عربی بوده است که موجب شده دو گونه خشونت واکنشی و خشونت ایدئولوژیک جای خود را از ابتدای دهه ۱۹۹۰ به خشونت فرقه ای بدهد. این ترکیب در افغانستان و در خلال سالهای نبرد با نیروهای شوروی صورت گرفت و طی آن جنبشهای رادیکال مغرب عربی مهارتهای سازمانی و تشکیلاتی خود را در اختیار اسلام گرایان سعودی قرار دادند و در مقابل هم از کمک مالی آنان بهره گرفتند و هم از دیدگاههای فرقه گرایانه وهابی ها اثر پذیرفتند.