اگرچه مساله آزاداندیشی از دیرباز در آموزه های دینی مورد تاکید و توجه بوده است، اما همواره با دشواری هایی روبرو بوده است. اینکه چگونه این مشکل در نهاد روحانیت شیعه و حوزه های علمیه پا گرفت و چرا بسیاری از عالمان آزاداندیش با دشواری مواجه شدند، موضوع این مقاله است. مدعای نگارنده این است که آزاداندیشی در سازمان روحانیت شیعی، همواره دغدغه ای شخصی بوده، به دغدغه ای نهادی تبدیل نشده است؛ از این رو آزاداندیشی توسط معدودی از عالمان مورد توجه بوده است. با این وصف، سازمان روحانیت شیعه باید ضمن آسیب شناسی این مساله، با حمایت رسمی و نهادی از آزاداندیشی، زمینه های بسط و رونق دانش های اسلامی را پدید آورد و مساله آزاداندیشی را در سازمان روحانیت نهادینه سازد و آن را از یک مساله شخصی به مساله ای نهادی و سازمانی، ارتقا و تعالی بخشد.