قلمرو پیش فرض ها
در مطالعات علم و دین در سال‌های اخیر بر فلسفه علم و تأثیر پیش‌فرض‌ها بر آن بیش از پیش تأکید می‌شود، علت آن چیست؟ این پیش‌فرض‌ها را در کدام بخش از دین باید جستجو کرد؟
خداشناسی و علوم تجربی
آیا علوم تجربی مانند ریاضیات، فیزیک، مهندسی و زیست شناسی، برای ما راهی به شناخت خداوند باز می‌کنند و یا تنها برای رفع نیاز‌های این جهانی ما مفیدند؟ آیا زمانی که برای آموختن آنها صرف می‌کنیم لازم است؟
بازخوانی حوزه پیش‌فرض‌ها
آیا در مورد علوم تجربی (Science) مثل روان‌شناسی و فیزیک و… سکولار و غیرسکولار بودن مطرح است؟ در رابطه با پیش‌فرض‌های این علوم چطور؟
روان‌شناسی و احکام دینی
اگر عملی از لحاظ علم پزشکی یا روان پزشکی و یا روان شناسی برای انسان مفید باشد، آیا ممکن است که از لحاظ دینی و مذهبی، مخالفت و مغایرتی با آن وجود داشته باشد، یا مذهب آن را تأیید می‌کند؟
علوم دانشگاهی
آیا در همه احادیث فقط از علوم اسلامی گفت وگو شده و سخنی از سایر علوم به میان نیامده است؟ اگر سایر علوم بی‌فایده هستند، چرا در دانشگاه‌های ایران اسلامی تدریس می‌شوند؟ اگر این رشته‌های غیراسلامی (ریاضی، اقتصاد، حقوق و…) مفید هستند، رابطه آنها با علوم اسلامی چیست؟
دانشگاه اسلامی
اگر اسلام مشوق جدی دانش جویی است، بر این اساس دانشگاه اسلامی چگونه دانشگاهی خواهد بود؟اسلامی شدن مانند هر فرآیند برنامه‌ریزی شده‌ی دیگر نیازمند نقشه‌ی راه و عملکرد است. از ابتدای انقلاب نیز تلاش‌هایی برای اسلامی شدن دانشگاه ها صورت گرفته است؛ از تشکیل ستاد اسلامی کردن دانشگاه‌ها گرفته تا شورای عالی انقلاب فرهنگی، جهاد دانشگاهی، مراکز معارف اسلامی، نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری، سازمان سمت و ده‌ها مؤسسه دیگر همگی قصد داشته‌اند تا گامی برای اسلامی شدن بردارند. همه این تلاش‌ها به دنبال یافتن پاسخی به این پرسش بوده‌اند که چه باید کرد تا دانشگاه اسلامی تحقق یابد؟ و به بیان دقیق‌تر در دانشگاه‌های موجود چه عاملی باید تغییر کند تا دانشگاه اسلامی شود؟
کار ویژه های معرفتی دین
کارویژه های معرفتی دین چیست؟ دین چه آموزه هایی دارد که از راه دیگر به دست نمی آید؟
نقش دین در ساحت علم
آیا دین می تواند و یا باید، نقشی در فرایند علم (تحقیق و پژوهش علمی) ایفا کند یا خیر؟ این نقش را چگونه ایفا می کند و میزان و قلمرو آن چیست؟
نقش علم در ساحت دین
آیا دین همانند علم قابل رشد و توسعه است؟
راست آزمایی علوم تجربی
تفاوت معارف تجربی و معارف فلسفی و دینی در چیست؟
پیوند دین و سیاست
با توجه به توسعه موضوعی و تکثر رهیافت روش و نظریه در علوم سیاسی، پیوند این دانش ها با رشته های مختلف مانند جامعه شناسی، روان شناسی اجتماعی، اخلاق، حقوق، اقتصاد، جغرافی آمار و… آشکار می گردد. اکنون بازگردیم به پرسش ابتدایی: آیا علوم سیاسی با دین نیز پیوند دارد و آیا می توان از دین در عرصه وسیع سیاست انتظاری معقول داشت؟
دین و سیاست
آیا علم سیاست با دین پیوند دارد؟ با توجه به اینکه سیاست قواعد علمی خود را دارد و این قواعد مشخص و تعریف شده است، چه نیازی به تعریف سیاست دینی داریم؟
رابطه عقل و دین
با توجه به پیشرفت‌های فراوان دنیای امروز با تکیه بر عقل بشری دیگر چه نیازی به دین هست؟ و اگر هست، عقل در آن چه جایگاهی دارد؟
مرجعیت فهم عرفی
بخشی از عقلانیت یا آگاهی که در ادراک جمعی جامعه فعلیت یافته، فهم عرفی یا زیست جهان مشترک آدمیان را تشکیل می‌دهد. فهم عرفی گاه عقل عرفی نیز نامیده می‌شود؟