قرآن وجوه کمالیه مختلفی دارد که ازجمله آنها حروف مقطعه است. در این حروف، اسراری است که کلید این اسرار در اختیار ائمه (ع) سپرده شده است و براساس آیه من عنده علم الکتاب، علم به بطن های قرآن در شب های قدر در اختیار امام زمان (ع) قرارa داده می شود.

سم اعظم خدا را پیامبر (ص) و امام (ع) از همین حروف مقطعه استخراج می کنند.
در قرآن معارف توحیدی بسیاری وجود دارد که ازجمله آنها بداء است. کنه بداء اختیار کامل غیرمتناهی در لایتناهیت خداست یعنی معدوم را وجود دادن و موجود را معدوم کردن. قرآن کلام خداست و هر کلامی در شناختن صاحب کلام؛ قرآن، معلم پیامبر (ص) و امام (ع) است. در قرآن علم به عوالم دیگر مانند ملکوت، انوار، ارواح، اشباح، ذرّ و… وجود دارد. علوم قرآن جمعی جملی است و تفصیل آن برعهده اهل بیت (ع) می باشد و از آنجا که ائمه (ع) فرصت و مجال امامت و رهبری و بیان تفصیلی این علوم را پیدا نکردند بخش معظمی از علوم قرآن منتشر نشده است.
علوم قرآن با علوم بشری ازجمله علوم فلسفی تفاوت های بسیاری دارد که در این مقاله به برخی موارد اشاراتی شده است.