ورود وهابیت به این کشور، همانند کنیا و اوگاندا به دهه ۱۹۶۰ و چند سال پس از استقلال اوگاندا باز می گردد. در اواخر این دهه، تعدادی از مبلغان وهابی از کشورهای سودان و عربستان در قالب معلمان عربی وارد این کشور شده، در مناطق مسلمان نشین اقدام به تبلیغ اندیشه های وهابیت کردند. وهابیان در این سال ها با انجمن ملی پیشبرد مسلمان نیز ارتباط داشتند و در تلاش بودند از طریق این سازمان نیز بخشی از اهداف خود را به تحقق رسانند. از این رو، در مسائل داخلی انجمن ملی پیشبرد مسلمانان نیز دخالت کردند که به اوج گیری منازعه میان این سازمان و مخالفان آنها، از جمله عیدی کاواگانیا و موشی موگروا و در نهایت، قتل این دو فرد منجر گشت.