پس از کشمکشهایی فراوان بالاخره آنان ابوبکر را به عنوان خلیفه انتخاب کردند(طبری، تاریخ الامم و الملوک ،ج۳، ص۲۱۹-۲۲۲)
پس از آنکه حاضران در سقیفه همگی با ابوبکر بیعت کردند، عده‌ای برای تثبیت آن به راه افتادند. «ابن ابی الحدید» به نقل از «براء بن عازب» می‌نویسد: عده‌ای از بنی‌هاشم مشغول غسل رسول خدا بودند و من از شدت غصه و ناراحتیِ مصیبت وارده و از ترس اینکه مبادا خلافت را از دست بنی‌هاشم خارج سازند، بین این گروه و مسجد در رفت آمد بودم. در این اثناء خبر رسید که عده‌ای در سقیفه اجتماع کرده‌اند. ناگهان عمر و ابوبکر غیبشان زد. سپس خبر رسید که با ابوبکر بیعت کرده‌اند. طولی نکشید که ابوبکر به همراه عمر، ابو عبیده جراح و عده‌ای از اهل سقیفه را دیدم که به راه افتاده‌اند وهر که را می‌بینند دستش را گرفته و به عنوان بیعت به دست ابوبکر می‌دهند خواه راضی به چنین عملی باشد یا از آن اکراه داشته باشد. سریعا خود را به بنی‌هاشم رساندم. آنان در را (برای غسل دادن رسول خدا) به روی خود بسته بودند. با شدت تمام در را کوبیدم و با فریادی بلند آنان را از بیعت مردم با ابوبکر آگاه ساختم. (شرح نهج البلاغه، ج ۱، ص۲۱۹٫)

عمر،‌ ابوعبیده، ابوبکر و همرانشان رفته رفته وارد مسجد النبی شدند در حالی که عمر مرتب اطراف ابوبکر می‌دوید و فریاد می‌زد: همانا مردم با ابوبکر بیعت کردند(ابن ابی الحدید، شرح نهج البلاغه، ج۲، ص۵۶)، ابوبکر بر منبر رسول خدا نشسته خطبه‌ای خواند. ابوذر که از مسئله بیعت آگاهی یافته بود به مسجد رفت و طیّ سخنانی مردم را به اطاعت از علی (ع) فرا خواند. (تفسیر فرات کوفی، ص۸۱)
در این اثناء قبیله از اعراب به نام بنی اسلم که برای تامین معاش خود وارد مدینه شده بودند با بیعت‌گیرندگان برخورد کردند. عمر به اطلاع آنان رساند که اگر در بیعت گرفتن یاری‌شان کنند در عوض مؤونه آنان را تامین خواهد نمود. آنان نیز پذیرفته و چوب به دست در مدینه به راه افتادند. تعداد آن‌ها به حدی زیاد بود که کوچه‌های مدینه مملو از آنان گردید.(تاریخ الامم و الملوک ،ج۲، ص۴۵۸) آنان هر کس را که می‌دیدند گرفته به زور و کشان‌کشان برای بیعت به نزد ابوبکر می‌آوردند.(شیخ مفید، الجمل، ص۵۹) این روند بیعت گیری تا شب ادامه یافت. با فرا رسیدن شب آنها به منازل خود بازگشتند.(شرح نهج البلاغه، ج۶،ص۱۹)
روز سه شنبه نیز ابوبکر به همراه عمر و ابوعبیده جراح به مسجد پیامبر آمدند و ضمن خواندن خطبه مجددا مردم را به بیعت با ابوبکر فراخواندند اما قبل از آن عمر منصب قضاوت و ابو عبیده منصب دریافت غنائم را بین خود تقسیم کردند.(عبد الرزاق صنعانی، المصنف، ج۵، ص۴۳۸٫)
اکثریت مورخین و سیره‌نویسان متقدم بر این عقیده‌اند که پیامبر در شب چهارشنبه به خاک سپرده شده‌ است. (ابن سعد، الطبقات الکبری، ج۲، ص۲۹۰؛ ابن هشام، السیره‌ النبویه، ج۴،ص۳۱۴؛ بلاذری، انساب الاشراف، ج۲، ص۲۵۱؛ یعقوبی، تاریخیعقوبی، ج۲، ص۱۱۴؛ طبری، تاریخ الامم والملوک، ج۳، ص۲۱۳٫)برخی نیزمانند ابن هشام و طبری زمان دقیق‌تری از آن را تعیین کرده و تصریح کرده‌اند که این مسئله در نیمه‌های شب رخ داده است.(همان)

روز چهارشنبه یعنی تنها دو روز بعد از وفات پیامبر(ص)، ابوبکر و عمر با نقشه ای حساب شده، دستور دادند که تمام مردانی که در سپاه اسامه بودند باید به لشکر اسامه در بیرون از شهر مدینه پیوسته و از شهر خارج شوند(مغازی واقدی،ج۳، ص۱۱۲۲) هدف آنان کاملا مشخص بود چرا که آنان سعی داشتند تمامی مهاجرین و انصار را از شهر خارج کرده و آنگاه با خیالی آسوده به دنبال بیعت گرفتن از مخالفین سرسخت خود که تا آنموقع بیعت نکرده بودند به خصوص بنی هاشم و امیرالمومنین علی علیه السلام باشند.(مسعودی، مروج الذهب، ج ۱، ص ۶۵۷٫)
بیعت نکردن امام علی علیه‏السلام برای دستگاه خلافت سنگین و غیر قابل تحمل بود، از این رو تصمیم گرفتند که از علی علیه‏السلام و بنی‏هاشم و افراد دیگری که بیعت نکرده بودند، بیعت اجباری بگیرند. آنان دو روز بعد از تدفین پیامبر یعنی در روز جمعه اولین یورش را به خانه وحی انجام دادند(دانشنامه شهادت حضرت زهرا سلام الله علیها، ص ۲۳۶ و ۲۳۷)
یعقوبی در این باره می‏نویسد:

ابوبکر و عمر که خبر یافته بودند گروه بنی‏هاشم با علی بن ابی‏طالب در خانه فاطمه دختر پیامبر خدا فراهم گشته‏اند، پس آنان با گروهی به عنوان مخالفت با این اقدام، به خانه هجوم آورند تا از علی علیه‏السلام و مخالفان خلافت ابوبکر بیعت بگیرند، به همین علت بود که عمر آن‏ها را برای بیعت ـ به سوی مسجد ـ کشید.(تاریخ یعقوبی، ج ۱، ص ۵۲۷(
یعقوبی در ادامه جریان سقیفه چنین می‏نویسد:علی علیه‏السلام بیرون آمد و زبیر شمشیری حمایل داشت. پس عمر با او برخورد و با وی درگیر شد و او را بر زمین زد و شمشیرش را شکست و به خانه ریختند، پس فاطمه«علیهاالسلام» بیرون آمد و گفت: به خدا قسم باید بیرون روید وگرنه مویم را برهنه سازم و نزد خدا ناله و زاری کنم.(یعقوبی، همان، و نیز ر.ک: ابن‏قتیبه دینوری، الامامه و السیاسه، ج ۱، ص ۲۷ ـ ۳۳)
ذهبی در شرح زندگانی ابن ابی دارم از قول ابن حماد کوفی می نویسد: هنگامى با مشعل آتش براى تسلیت دختر پیامبر اکرم ( ص ) آمدند که وى « به محسن » باردار بود و تهاجم به خانه و … موجب قتل محسن طفلى که هنوز پا به دنیا ننهاده بود گردید . چنانکه ابن ابى دارم در ادامه می گوید: عمر لگدى بر حضرت زهرا ( س ) زد تا محسن سقط گردید.(سیر اعلام النبلاء ، ج ۱۵ ، ص ۵۷۸). ‏
بعد از انجام این جنایت هولناک آنان به زور علی علیه‏السلام و دیگر افرادی را که از بنی‏هاشم در آن‏جا گرد آمده بودند، به همراه خود بردند…

منبع:پرسمان