دانشگاه فراموش شده جندى شاپور، نقش بسیار مهم و ارزنده‏اى در ایران پیش از اسلام، به ویژه در دوران ساسانیان، ایفا کرده است. مدارک فراوانى درخشش بزرگ آن مرکز پیشرفته عصر ساسانى در زمینه‏ هاى علمى، فلسفى، نجوم و طب را گواهى مى ‏دهد. آن‏گاه که مسلمانان به ایران آمدند براى دوره‏اى نسبتاً طولانى، فعالیت آن مرکز علمى دچار رکود شد. پس از به قدرت رسیدن عباسیان، رونق گرفتن دوباره تیسفون (مداین) و انتخاب بغداد به پایتختى اسلام، جندى شاپور در سایه توجه وزیران ایرانى عصر اول عباسى، اهمیت پیدا کرد. از آن دوران تا نیمه قرن سوم هجرى، خاندان‏هاى بزرگ در کنار دانشمندان ایرانى، آن مرکز علمى را اداره نمودند و علم طب به ویژه، پس از توجه مسلمانان به آن، در دانشگاه جندى شاپور رونقى جدید یافت. از این رو، در دوره‏هاى طولانى آن مرکز، به عنوان یکى از مراکز مهم علمى به یاد مانده از عصر ساسانى، به شمار مى ‏آمد و جز مرکز علمى اسکندریه، رقیبى براى خود نمى ‏شناخت.