یکی از مباحث مهم در حوزه علوم قرآنی و تفسیر، مسئله «مبانی یا اصول تفسیر» است. مبانی تفسیر که همان باورها و اصول پذیرفته‌شده و مسلّم نزد مفسّر است، در فرایند تفسیر وی، ایفای نقش می‌کند و پذیرش یا عدم پذیرش آن‌ها، سبب رویکرد خاص در تفسیر می‌گردد. ازآنجاکه مبانی مفسران متفاوت است، لذا اختلاف در تفسیر پدید می‌آید. از امام محمد باقر (ع) روایات فراوانی در حوزه تفسیر آیات قرآن و علوم قرآنی باقی مانده است که با توجه به آن‌ها برخی از مبانی تفسیری از دیدگاه امام محمد باقر (ع) عبارت‌اند از: قدسی بودن قرآن کریم، سلامت آن از خطر تحریف، قرائت واحد قرآن، امکان و جواز تفسیر آن، ساختار چندمعنایی قرآن، حجیّت سنت رسول اکرم (ص) و اوصیای ایشان در تفسیر و … .