از زمان نزول قرآن در موضوع وحى شبهه‌هایى مطرح و براساس معیارهاى درون‌دینى و برون دینى پاسخ‌هایى نیز ارائه شده است.
ارتباط میان انسان به عنوان مادّه سفلى با عالم عُلیا، نوع این ارتباط به لحاظ قالب الفاظ و قالب معنا، سنخ القاى آن بر پیامبران الهى و به صورت خاصّى بر پیامبر خاتم ۹، تجربى بودن پدیده وحى و قابلیّت بسط و گسترش آن، معانى متعدّد وحى و یا کاربردهاى متعدّد از یکمعنى واحد براى وحى از جمله شبهاتى است که به صورت پرسشى مطرح، و تنى چند از اساتید دانشگاه پاسخ داده‌اند.
در خصوص پیامبر خاتم ۹ الفاظ و معانى قرآن، هر دو از جانب خداوند بر قلب رسول اکرم ۹ نازل شده و پیامبر ۹ براى بازگو کردن عین الفاظ نازل شده شتاب مى‌کرده‌اند. در قرآن تصریحاتى به نزول لفظى و معنایى وجود دارد.
قول ثقیل، تحدّى قرآن نیز از مباحث مطرح شده مى‌باشد.