۱ –  تألیف شواهد التنزیل

شواهد التنزیل نوشتۀ ابو القاسم عبید الله بن عبد الله بن احمد حسکان نیشابورى مشهور به ابن حذاء و حاکم حسکانى است. وی در مقدمه کتاب در انگیزه خود در نوشتن این کتاب چنین می گوید:

برخى از دانشمندان، که بر مردم ریاست مى‏کنند و از بزرگان و پیروان مذهب کرامیه هستند در روزگار ما حلقۀ درس و بحث تشکیل داده و گروه زیادى از دانشجویان علوم دینى به گرد آنان حلقه زده اند. متأسفانه این شخصِ به ظاهر دانشمند، با سخنان نادرست و عوام فریبانه به ساحت مقدس علوى خدشه وارد ساخته و یاوه گویى را به اعلا درجه رسانده و گفته: هیچ مفسرى متذکر نشده که سورۀ «هل أتى» (دهر، انسان) در شأن امام على(علیه السلام) و خاندان وى نازل شده است. وى پا را از این نیز فراتر نهاده و ادعا کرده که هیچ آیه اى در قرآن در شأن اهل بیت (علیهم السلام) نازل نشده است؛ من با شنیدن این سخن بسیار تعجب کردم و از جسارت و جرأت وى حیرت کردم و سخن وى را بهتان بزرگ و دروغ سترگ قلمداد نمودم و منتظر اعتراض و انکار گستردۀ دانشمندان شدم، ولى دریغ و افسوس که هیچ اعتراضى نشد و هیچ فریادى به گوش نرسید. تنها کسی که در این زمینه اقدامى کرد، استاد بزرگم ابو العلا صاعد بن محمد بود. وى برخى از شاگردانش را که در آن جلسه حضور داشتند سرزنش نمود و به این مقدار بسنده کرد و از نهى آنان چشم پوشى نمود، با اینکه ایشان به مسأله امر به معروف و نهى از منکر اهتمام فراوان دارد. این قضیه موجب شد بنده احساس وظیفه کنم و عزم را جزم نمایم تا این شبهه را به صورت مستدل و مستند پاسخ گویم و آن را در مجموعه اى گرد آورم.

وی سپس شواهد التنزیل را در شش فصل دربارۀ ویژگی ها و خصائص امیر المؤمنین(علیه السلام)، و تفسیر آیاتی در شأن امیر المؤمنین و اهل بیت(علیهم السلام) تألیف کرد. نویسنده در این کتاب شأن نزول ۲۱۰ آیه را دربارۀ امیر المؤمنین و اهل بیت(علیهم السلام) نقل کرده است. این در حالی است که وی در پایان کتاب متذکر مى‏شود که چون با شتاب این کار علمى را انجام داده، توفیق جمع آورى کلیۀ احادیث شأن نزول فضائل على(علیه السلام) را به دست نیاورده است.

شایان ذکر است که شواهد التنزیل به تحقیق مرحوم محمد باقر محمودی در سه جلد (تهران: مجمع احیاء الثقافه الإسلامیه، ۱۴۱۱ق) چاپ شده است.

۲ –  تهذیب الأحکام

در کتب شیعه، روایات بسیاری از ائمه(علیهم السلام) نقل شده است؛ برخی از این روایات یکدیگر را نقض یا نفی می‌کنند و همین امر گاه موجب سرگردانی و گمراهی فردی می‌شود که از علم حدیث بی‌بهره است. این اتفاق در زمان شیخ طوسی (م ۴۶۰) رخ می دهد. شیخ طوسی؟رح؟ وقتی می شنود شخصی به نام ابو الحسین هارونی به خاطر اختلاف احادیث، از مذهب حقۀ اهل بیت(علیهم السلام) رویگردان شده، اقدام به تألیف تهذیب الأحکام می‌کند؛ چنان‌که به تفصیل در مقدمۀ تهذیب الأحکام گزارش داده است.

۳ –  تألیف سه کتاب در پاسخ به جرجی زیدان

 جرجی زیدان، نویسندۀ مسیحی، در کتاب تاریخ آداب اللغه العربیه، شیعه را متهم می سازد _ به این مضمون _ که فرقه‌ای در اقلیت است که فرهنگ نداشته و حتی امروزه شیعه‌ای در جهان وجود ندارد. در پاسخ به این اتهام سه دانشمند شیعۀ حوزۀ نجف که در آن زمان در سنین جوانی بوده‌اند، تصمیم می‌گیرند که هر یک به نوعی به این کلام پاسخ گویند.

شیخ آقا بزرگ تهرانی با نگارش دورۀ ۲۹ جلدی الذریعه إلی تصانیف الشیعه، فهرستی از آثار مکتوب دانشوران قدیم و جدید شیعه _ بیش از ۵۳هزار عنوان کتاب _  را می‌شناساند.

سید حسن صدر کاظمی با نگارش تأسیس الشیعه الکرام لعلوم الإسلام پژوهشی تاریخی ارائه می‌کند که بر اساس آن، دانشمندان شیعی در بنیان گذاری بسیاری از علوم اسلامی نقش اساسی و کلیدی داشته‌اند.

شیخ محمد حسین کاشف الغطاء با نگارش دورۀ چهار جلدی النقود والردود اشکالات کتاب جرجی زیدان را در مقولۀ تاریخ ادبیات نقد کرد. 

۴_ بر این کتاب‌ها می‌توانیم نهج الحق علامه حلی، احقاق الحق قاضی نور الله و… را بیفزاییم از همین رو پیشنهاد می شود که اینگونه موارد باز هم احصاء و در مقاله‌ای مستقل
 انعکاس یابد.