زندگی سیاسی امام محمد باقر (ع) و سیره عملی آن حضرت در مبارزه با خلفای جور تاکنون از حیث اهمیتی که برای اندیشه سیاسی شیعه داشته، مورد توجه قرار نگرفته است. در این مقاله از خلال بررسی مواجهه آن حضرت با خلفای اموی زمانشان می‌توان مفرداتی اساسی در اندیشه سیاسی شیعه را که امام محمد باقر (ع)، واضع آن بود، دریافت. تأکید بر هویت مستقل شیعی و پیراستن آن از آنچه این هویت مستقل را مخدوش می‌کرد، بیان خصائص امام در نزد شیعه به‌نحوی‌که آن را از سایر گونه‌های امامت نزد فرق دیگر ممتاز گرداند و با امامت بالسیف، امامت غیر منصوص و یا غلو در بیان صفات امام مشتبه و مغلوط نگردد و بالاخره طرح «تقیه» به‌منزله استراتژی مبارزه سیاسی شیعه، بخشی از تعالیم سیاسی امام محمد باقر (ع) است که از خلال مبارزات سیاسی آن حضرت با خلفای جور اموی مستفاد می‌گردد.