روایات بسیاری از شیعه و اهل سنت نشان می‌دهد که امام علی (ع) در آغازین روزهای درگذشت پیامبر گرامی اسلام (ص)، بنابر سفارش آن حضرت، قرآن را در مجموعه‌ای گرد آورد، این مجموعه که به «مصحف علی (ع)» نام بردار است، دربردارنده تأویل و تفسیر آیات قرآن، محکم و متشابه و اسباب النزول بوده است و آیه‌های منسوخ پیش از آیات ناسخ قرار داشته‌اند و به همان‌گونه، آیات مکی پیشتر از آیه‌های مدنی بوده است. برخی از محققان مسلمان بر این رأی هستند که مصحف بر اساس ترتیب نزول سوره‌های قرآن گردآوری شده است، این دیدگاه، تنها بر روایت «ابن سیرین» مبتنی بوده و در دیگر روایات خصوصاً روایات شیعه دیده نمی‌شود، بنابراین نمی‌توان به دیده اطمینان به آن نگریست و به دلیل وجود مسائل مهم علوم قرآنی در مصحف علی (ع) و زمان گردآوری آن، می‌توان نتیجه گرفت که مصحف آن حضرت نخستین کتاب در حوزه علوم قرآنی می‌باشد.